Paddington, Peru'daki Emekli Ayılar Evi'nde sakin bir yaşam süren Lucy Teyzesini ziyaret etmek için Brown Ailesi'nden ayrılır. Ancak, Lucy Teyze'nin yıllar önce kaybettiği eski bir harita keşfedilince işler karışır. Bu harita, Amazon’un derinliklerindeki gizemli bir kayıp şehre işaret etmektedir. Lucy Teyze’nin gençlik hayali olan bu keşif, Paddington ve Brown Ailesi için kaçırılmayacak bir fırsata dönüşür. Böylece tüm aile, Peru’nun renkli pazarlarından geçerek Amazon ormanlarının tehlikeli patikalarına doğru yola çıkar. Yol boyunca, hırslı hazine avcıları ve yerel efsanelerle yüzleşmek zorunda kalırlar.